本作故事发生在《合金装备3 食蛇者》故事之后六年的1970年，有着BIG BOSS称号的Naked Snake已于Fox小队中退役。之后来自CIA底下的特殊部队偷走当时正在研发的最新型武器。虽然Snake已经不在FOX部队了，但依然被当成同谋者逮捕，遭特殊作战部队FOX小队囚禁于San Hieronymo Peninsula死者之半岛，在留置场中结识了同样被逮捕的年轻绿扁帽成员Roy Campball。在合力逃出牢房后，Snake试图联络之前的长官Zero上校，才发现Zero上校也已经被逮捕，而Snake则被视为这次叛乱事件的首谋者。之后从Roy Campball口中得知叛变的Fox小队指挥官Gene的意图后，决意要阻止Gene。